Avant de devenir romancier à temps plein, John Connolly travaille comme journaliste, barman, fonctionnaire du gouvernement local, serveur et coursier au grand magasin Harrods à Londres.
Après avoir obtenu un Baccalauréat en arts d'anglais au Trinity Collège de Dublin et une Maîtrise en arts de journalisme à l'université de la ville de Dublin, il travaille pendant cinq ans comme journaliste pigiste pour le journal The Irish Times.
Rapidement frustré par la profession, il commence à écrire pendant son temps libre Every Dead Thing (Tout ce qui meurt) qui obtient un Shamus Award – Best First Private Eye Novel.
Il continue à écrire des articles pour son journal, les plus marquants ayant été une série d'entretiens avec d'autres auteurs établis.

Il cite Ross Macdonald, James Lee Burke et Ed McBain comme influences majeures, et il est souvent apprécié pour son style riche et introspectif d'une qualité rarement atteinte par les autres auteurs du genre.

C'est un lecteur passionné et un collectionneur de musique. La cuisine et la gymnastique figurent également parmi ses passe-temps favoris.